Trò chơi được tái hiện trong tương lai xa ở một chiều không gian song song gọi là Cosmic Ark. Các robot lớn được gọi là Arks đã bị đánh thức và đi tìm thiên hà của họ bị cai trị bởi các Chaos bóng tối. Họ đã lay động không gian vô tận đứng yên, nên còn lại ba Arks lớn là Wisdom, Courage và Strength. Họ đã bị rút đi sức mạnh, và năng lượng còn lại chỉ đủ để đánh bại các chaos bóng tối. Nhưng để thực hiện được điều này, ba đoàn phái khác nhau đã tạo ra những chiến binh của riêng họ, cạnh tranh nhau để tìm ra kẻ sẽ tiêu diệt chaos bóng tối và số phận của thế giới.

Bên cạnh cốt truyện, cũng có các ngoại truyện của các nhân vật trong trò chơi. Ví dụ như nền tảng của Crimrose và Ivis, câu chuyện về Eihwaz, và cuộc gặp gỡ của Eris và Resha cùng một số nhân vật khác.